عنوان
طبقه‌بندي ساختاري پروتئين‌ها با استفاده از خصوصيات ساختار دوم پيش‌بيني شده و کاهش‌يافته
نویسنده (گان)
مشتاق,بهنوش;حميدزاده,جواد
چکیده مقاله
پيش‌بيني کلاس ساختاري پروتئين، يک مساله شناسايي طبقه‌بندي در حوزه بيوانفورماتيک است. دانش کلاس‌هاي ساختاري پروتئين به فهميدن الگوهاي تاشو(flod) کمک مي‌کند. در ‌اين مقاله، از ويژگي‌هاي استنباط شده از ساختار دوم پيش‌بيني شده پروتئين به همراه ويژگي‌هاي جديدي که از دنباله کاهش يافته ساختار دوم استنباط کرديم، پروتئين‌ها را 4 دسته α، β، β+α و β/α طبقه‌بندي کرده‌ايم. دقت پيش‌بيني مورد استفاده در ‌اين ويژگي‌ها را، با تعدادي از روش‌هاي موفق موجود مقايسه کرده‌ايم. در‌ روش ارائه شده از SVM به دليل تاثير شناخته شده‌اش در حل مساله طبقه‌بندي پروتئين‌ها استفاده شده است. با مجموعه داده استاندارد 25PDB روش پيشنهاد شده، 89.33 % دقت را براي 29 ويژگي دارد و ‌اين در حالي است که، روش‌هاي قديمي‌تر با 2510 ويژگي دقت 87.80 % را داشته‌اند. اين بدان معني است که روش پيشنهادي در اين مقاله با کاهش ويژگي از 2510 به 29، علاوه بر کاهش پيچيدگي مساله، دقت را نيز افزايش داده است. نتايج آزمايشات نشان دهنده برتري روش پيشنهادي نسبت به ساير روش‌هاي مطرح، از لحاظ دقت و پيچيدگي در اين زمينه است.

متن کامل مقاله