عنوان
پيش‌بيني برهمکنش پروتئين-پروتئين مبتني بر رويکرد حذف نويز داده‌ها و SVM
نویسنده (گان)
خداميان,ولي الله;اليوسف ,عبدالعزيز ;مقدم چرکري,نصر اله
چکیده مقاله
ويروس عاملي است که مي‌تواند سلامتي انسان‌ها و حيوانات را به خطر بياندازد. يکي از چالش¬هاي اصلي در علوم پزشکي پيشگيري از بيماري¬هاي ناشي از ويروس‌هاي مختلف و درمان آنها است. مشخص کردن پروتئين سلول مورد هدف يک ويروس مطمئنا به شناخت و فهميدن مکانيسم عملکرد ويروس کمک مي‌کند و اين شناخت منجر به طراحي استراتژي بهتر مقابله با ويروس خواهد شد. در راستاي پيش¬بيني برهمکنش پروتئين-پروتئين، رويکردهاي محاسباتي مختلفي ارائه شده است، اما بيشتر آن‌ها مربوط به برهمکنش بين پروتئين¬هاي همسان(پروتئين‌هاي انسان) مي‌باشد. در اين مقاله ما روشي براي توليد داده¬هاي منفي جهت رفع نويز از داده¬ها در يادگيري ارائه داديم. با توجه به اينکه دو نوع داده در اين مسئله وجود دارد (مثبت و منفي) و محقق خود بايد داده¬هاي منفي را توليد کند، در اين تحقيق ما داده‌هايي را به عنوان داده منفي انتخاب کرديم که بيشترين فاصله را نسبت به ميانگين داده‌هاي مثبت داشته باشند. در اين رابطه، ماشين بردار پشتيبان (SVM) با هسته‌هاي مختلف براي پيش بيني برهمکنش بين پروتئين‌هاي ويروس ايدز(HIV) و پروتئين‌هاي انسان بکار برده شد که بهترين نتيجه مربوط به SVM با هسته RBF بدست آمد. روش ارائه شده علاوه بر اينکه کارايي بهتري در معيارهاي صحت و بازخواني نسبت به بقيه روشها داشته است قابليت اجرا براي پروتئين‌هاي ناهمگن را دارا مي‌باشد.

متن کامل مقاله